Mini Ninjas traz uma releitura um tanto lúdica do clássico mito que envolve os ninjas. Em vez de máquinas de matar, aqui eles são pequenos, rápidos e graciosos sujeitos interessados em salvar o mundo de forças mágicas maléficas. De fato, trata-se aqui do típico “ninja bonzinho”, do tipo que destrói criaturas maléficas, salva florestas e ajuda velhinhas a atravessar a rua (embora isso, possivelmente, não se possa encontrar no jogo).O jogo traz a história do jovem e inexperiente ninja Hiro, que é mandado em uma jornada para encontrar e derrotar o “Malvado Comandante Samurai” (ou “Evil Samurai Warlord”), um vilão dos mais sujos e típicos que tem transformado os pobres animais da floresta maléficos samurais.