A história de I-Ninja começa com nosso herói (conhecido apenas como Ninja), como ele descobre um poderoso "pedra raiva." Ninja, em seguida, vira para fora e decapita seu sensei. O fantasma de seu sensei mostra-se pouco depois de deixar Ninja saber sobre um terrível flagelo do ninjas sintética que deve ser parado. Após esta revelação, Ninja está desligado para salvar o dia.